Verschwunden (Within)

Skinners neuer Vorgesetzter Kersh beauftragt FBI-Agent John Doggett mit der Suche nach dem verschwundenen Fox Mulder. Doggett, der mit allerlei Tricks agiert, gerät schon bald mit Dana Scully aneinander. Schließlich führt sie eine Spur zum Familiengrab der Mulders. Auf dem Grabstein ist der Eintrag "Fox Mulder 1961-2000" zu lesen. Hat Mulder sein Verschwinden inszeniert? Doch dann finden sie Hinweise, dass Mulder von einem UFO in der Wüste von Arizona entführt worden ist.

Gibson Praise (Without)

Nach Mulders Entführung werden Scully und Skinner vom FBI wie Verdächtige behandelt, abgehört und observiert. Eingefädelt wurde diese Aktion von ihrem alten Intimfeind Kersh, der Special Agent John Doggett zum Leiter einer Sondereinheit ernannt hat, die Mulder finden soll. Zum großen Erstaunen von Scully und Skinner erklärt Doggett ihnen, dass Mulder sein Verschwinden wahrscheinlich nur vorgetäuscht hat, um sich am FBI zu rächen. Mulder wäre gerade erst in ein Büro des FBI eingebrochen und hätte daraus Akten entwendet. Scully und Skinner versuchen mit Hilfe von Byers, Langly und Frohike, den drei "einsamen Schützen", den Kurs nachzuvollziehen, den das Raumschiff mit Mulder an Bord genommen hat. Als sie feststellen, dass es sich wahrscheinlich in Arizona befindet, wird Scully klar, dass die Außerirdischen einen weiteren Menschen entführen wollen.

Klauen und Zähne (Patience)

Scully und Doggett ermitteln in einer mysteriösen Mordserie in Idaho, bei der vieles darauf hindeutet, dass der Täter kein Mensch, sondern ein Wesen mit Klauen und Zähnen ist. Der Chef der örtlichen Polizei, Detective Abbott, schenkt Scully keinen Glauben. Kurz darauf bezahlt Abbott seine Fehleinschätzung mit dem Leben. Doggett findet heraus, dass 1956, also 44 Jahre zuvor, drei Jäger in der Umgebung eine Art Fledermaus-Menschen erlegt hatten. Als sie bei ihren Ermittlungen auf den Bruder eines der damaligen Jäger stoßen, beschatten Scully und Doggett ihn und stellen fest, dass dieser Myron Stefaniuk seit 44 Jahren seinen Bruder Ernie, der abgeschieden auf einer Insel lebt, mit dem Nötigsten versorgt. Ernie Stefaniuk erzählt den beiden Agenten, dass er sich schon so lange auf der Insel versteckt hält, weil er Angst davor hat, dass eines Tages ein anderer Fledermaus-Mensch kommen und sich an ihm rächen wird.

Gesteinigt (Roadrunners)

Scully fliegt nach Utah, um einem Gerichtsmediziner zu helfen, der wegen eines Mordopfers, das offenbar gesteinigt wurde, ihren Rat braucht. Vom Ort des Verbrechens aus informiert sie Doggett telefonisch über ihren Verbleib und bittet ihn, nach einer bestimmten X-Akte über einen Fall zu suchen, bei dem Glykoprotein am Tatort nachgewiesen wurde, eine schleimige Masse, die sie auch hier gefunden hat. Nach dem Telefonat setzt Scully sich auf die Fährte eines Busses, der von der State Road auf einen unbefestigten Nebenweg abgebogen ist. In einer abgelegenen Ortschaft macht sie die Bekanntschaft von zunächst harmlos erscheinenden Leuten. Doch dann versuchen diese mit allen Mitteln, Scully am Verlassen des Ortes zu hindern, damit sie sich um einen Verletzten kümmern kann, der Wirt für einen parasitären Organismus ist.

Billy (Invocation)

Zehn Jahre nach seiner Entführung taucht der kleine Billy Underwood plötzlich wieder in seiner Heimatstadt auf - ohne in der Zwischenzeit gealtert zu sein! Medizinische Untersuchungen kommen zu dem Ergebnis, dass Billy biologisch wie zum Zeitpunkt seines Verschwindens sieben Jahre alt ist und noch vier Milchzähne hat. Billy selbst kann wenig dazu beitragen, die Fragen um sein Verschwinden aufzuklären, da er nicht spricht. Und auch sonst ist er ganz anders, als seine Eltern ihn in Erinnerung haben. Agent Doggett konzentriert sich bei seinen Ermittlungen auf einen Zeugen der Entführung vor zehn Jahren. Er wird auch fündig: Billys Entführer Cal Jeppy wird verhaftet, der mittlerweile auch Billys jüngeren Bruder Josh entführt hat. Sie müssen allerdings erfahren, dass Cal Jeppy Billy schon vor vielen Jahren ermordet und im Wald vergraben hatte.

Rückwärts (Redrum)

Als Staatsanwalt Martin Wells am 8. Dezember aufwacht, befindet er sich zu seinem Schrecken im Gefängnis und wird von Scully und Doggett abgeholt, um in eine andere Haftanstalt verlegt zu werden. Als Wells, der gar nicht weiß, wie ihm geschieht, auf die Straße tritt, lauert inmitten der wartenden Menge sein Schwiegervater und erschießt ihn. Trotzdem wacht Martin Wells am nächsten Morgen erneut auf - es ist der 7. Dezember! Entsetzt muss er erleben, wie er des Mordes an seiner Frau angeklagt wird. Als der nächste Tag, an dem er erwacht, der 6. Dezember ist, wird ihm langsam klar, dass er sich in der Zeit rückwärts bewegt. Doch Wells kann sich nur an das erinnern, was am vorigen Tag passiert ist, der für alle anderen aber der nächste ist.

Via Negativa (Via Negativa)

Zwanzig Sektenmitglieder und zwei FBI-Agenten werden in Pittsburgh ermordet aufgefunden. Skinner, der die Observierung der Sekte wegen des Verdachts auf Drogenhandel angeordnet hatte, ermittelt in dem Fall gemeinsam mit Agent Doggett, weil Scully sich aus gesundheitlichen Gründen zurückziehen muss. Der Hauptverdächtige ist Sektenführer Anthony Tipet. Es stellt sich heraus, dass Tipet mit Hilfe einer Droge die "Via Negativa" beschritten hat, also den Weg in die Dunkelheit, der ihn gemäß seiner verschrobenen Theorien näher zu Gott führen soll. Die Laboruntersuchungen ergeben, dass keiner der Ermordeten Drogen genommen hatte. Als ein Obdachloser mit den gleichen Verletzungen wie die anderen Opfer tot aufgefunden wird, stoßen Skinner und Doggett auf eine heiße Spur, die sie zu Tipets Drogendealer, einem gewissen Dr. Bormanis, führt. Dieser hat offenbar große Angst und versucht sich mit einem Super-Amphetamin wachzuhalten. Als er von Doggett und Skinner in eine Zelle gesperrt wird, ist er von seinem Drogen-Nachschub abgeschnitten. Im Schlaf hat er einen Alptraum, der mit seinem realen Tod ende.

Fenster der Seele (Surekill)

Der Immobilienmakler Carlton Chase wird in der Gefängniszelle eines Polizeireviers ermordet, nachdem er dort randaliert und behauptet hat, jemand wolle ihn umbringen. Scully und Doggett finden schnell heraus, dass Chase von oben durch einen Lüftungsschacht erschossen wurde. Allerdings hätte der Täter für einen solchen Schuss den "Röntgenblick" haben müssen. Als Scully und Doggett Chases Büro untersuchen, finden sie in seinen Unterlagen auffällig viele Rechnungen einer Kammerjägerfirma. Diese Firma wird von den Brüdern Cooper betrieben, die Buchhaltung erledigt die junge Tammi. Doggett und Scully hegen schon bald den Verdacht, dass die Coopers und Chase in dunkle Geschäfte verwickelt waren.

Schlaues Metall (Salvage)

Am Abend der Beerdigung von Ray Pearce stirbt auch dessen Freund und Arbeitskollege bei einem merkwürdig erscheinenden Autounfall. Doch der Mann wurde ermordet und alles deutet auf seinen verstorbenen Kollegen Ray als Täter hin. Aber: Dazu müsste Ray von den Toten auferstanden sein und die 4.300fache Dichte von Stahl haben müsste. Als kurz darauf auch Rays früherer Arbeitgeber auf die gleiche Weise umgebracht wird wie Rays Arbeitskollege, werden am Tatort ebenfalls Spuren gefunden, die auf Ray als Täter hinweisen. Doggett stößt auf ein Dokument der Firma "Chamber Technologies" und stellt fest, dass sich diese Firma mit der Entwicklung von neuartigen Metall-Legierungen befasst, die sogar imstande sind, sich selbst zu reparieren. Doggett erfährt auch, dass Dr. David Clifton, dessen Name auf dem Dokument stand, inzwischen nicht mehr für die Firma arbeitet. Geht es um ein misslungenes Experiment?

Hier und nicht hier (Badlaa)

In einem Hotelzimmer wird die Leiche von Hugh Potocki gefunden, der gerade aus Bombay zurückgekehrt und innerhalb von 20 Minuten nach der Anmeldung an der Rezeption an seinen schweren Unterleibsverletzungen gestorben ist. Scully stellt bei der Autopsie fest, dass der Mann bereits tot war, als er ins Flugzeug stieg. Doggett hält Scullys Theorie, dass Potockis Körper als Unterschlupf für jemanden diente, der illegal in die USA einreiste, für völlig abwegig - er glaubt dies auch dann nicht, als sie von einem anderen amerikanischen Geschäftsmann erfahren, der in Indien auf die gleiche Weise gestorben ist. Auf ähnliche Weise stirbt kurz darauf ein weiterer Mann, der Vater des zwölfjährigen Quinton. Der Junge erzählt, er habe kurz vor dem Tod seines Vaters einen kleinen Mann in seinem Zimmer gesehen, der keine Beine mehr hatte.

Der Seelenesser (The Gift)

In Squamash, Pennsylvania, besucht Doggett die Hangemuhls, die Mulder schon ein Jahr zuvor aufgesucht hatte, um im Fall der angeblich verschwundenen Marie Hangemuhl zu ermitteln. Nach Auskunft von Sheriff Frey und den Hangemuhls war das Ganze aber ein Missverständnis. Doggett merkt schnell, dass weder die Hangemuhls noch der Sheriff die Wahrheit sagen. In Mulders Wohnung findet er eine Waffe, in deren Magazin drei Kugeln fehlen. Als Doggett auf eine Sterbeurkunde stößt, die Sheriff Frey letztes Jahr einen Tag nach Mulders Besuch in Squamash eingereicht hat und auf der der Tod eines unbekannten Obdachlosen beurkundet wird, fährt er sofort mit Skinner nach Squamash. Doggett kann die verschwundene Marie Hangemuhl aus der Gewalt eines - wie die Indianer glauben - Seelenessers zu befreien. Dieses Wesen hat Marie von ihrem chronischen Nierenleiden kuriert, denn es kann die Krankheiten anderer Menschen in sich aufzunehmen.

Underground (Medusa)

Ein Bahnpolizist der Bostoner Verkehrsbehörde wird mit schrecklichen Verstümmelungen in einem U-Bahnabteil aufgefunden. Scully und Doggett sollen klären, wie der Mann zu Tode gekommen ist. Dabei müssen sie nicht nur auf völlig unbekanntem Terrain tief unter der Erde ermitteln, sondern auch unter großem Zeitdruck, denn Chief Karras möchte die Linie bald wieder in Betrieb nehmen. Doggett macht sich mit einer kleinen Gruppe von Spezialisten auf den Weg. Nur wenig später wird Doggett von jemandem angegriffen, der die gleichen Verätzungen aufweist wie die Leiche des Polizisten. Doggett dringt daraufhin gegen den erklärten Willen von Chief Karras und Lieutenant Bianco in einen stillgelegten Tunnel der U-Bahn vor, in dem er drei in Plastik eingeschweißte Leichen findet.

Frucht des Leibes (Per Manum)

Bei der Geburt ihres Kindes stirbt Kath, und das Baby verschwindet. Ihr Mann Duffy bittet Scully um Hilfe. Doggett hört sich den Mann an, der die Ärzte des Mordes bezichtigt und erzählt, daß Kath mehrfach entführt wurde und daß wahrscheinlich Aliens für ihre von der herkömmlichen Medizin für unmöglich gehaltene Schwangerschaft verantwortlich sind. Scully stellt den Mann brüsk als Phantasten hin und will auf keinen Fall ermitteln. Der sonst skeptische Doggett ist erstaunt über die untypische Haltung seiner Partnerin, hat er doch auffällige Parallelen zu ihrer eigenen X-Akte entdeckt. Dana verbittet sich die Einmischung in ihr Privatleben, denn sie will nicht, daß John von ihrer Schwangerschaft erfährt.

Es ist zu spät (This is not happening - 1)

Richie Szalay ist unterwegs nach Montana, um nach seinem Freund Gary zu suchen, der kurz vor Mulder von Außerirdischen entführt wurde. Als Richie nachts etwas verfolgt, das wie ein Raumschiff aussieht, findet er die schwerverletzte Teresa, die wie Gary entführt wurde. Scully, Doggett und Skinner fliegen nach Montana, um mit der Verletzten zu sprechen, die aber nicht vernehmungsfähig ist. Doggett schaltet die FBI-Agentin Monica Reyes ein, die auf Ritualverbrechen von Sekten spezialisiert ist. Ihr gelingt es, die Leiche von Gary zu finden und in der Nähe des Fundorts ein Fahrzeug zu identifizieren, das auf eine Farm in der Nähe zugelassen ist. Bei der Durchsuchung der Farm entdecken die Beamten 46 Sektenmitglieder, deren gesuchten Führer Absalom und die auf wundersame Weise vollständig genesene Teresa. Absalom behauptet, dass Raumschiffe landen, um Entführte abzulanden, denen er helfen soll. Kurz darauf wird Scully von Skinner darüber informiert, dass Mulder gefunden wurde.

Lebendig tot (Deadalive - 2)

Drei Monate nach Mulders Beerdigung macht Alvin Kersh Doggett das Angebot, ihn von den X-Akten abzuziehen und zu befördern. Doggett bittet um Bedenkzeit. Kurz darauf wird er nachts von Skinner angerufen, der mit ihm zum Friedhof fährt und gegen Doggetts Willen Mulders Leiche exhumieren lässt. Hintergrund ist die Tatsache, dass Billy Miles, der wie Mulder in Oregon entführt wurde, kurz zuvor im Meer treibend gefunden wurde. Obwohl sein Körper deutliche Verwesungszeichen aufweist, ist der Herzschlag schwach messbar. Dieses Phänomen trifft auch auf Mulder zu, dessen Körper nach drei Monaten im Grab noch Vitalzeichen von sich gibt. Doggett versucht zu verhindern, dass die schwangere Scully mit Mulders Anblick konfrontiert wird. Als ihm das nicht gelingt, besucht er Absalom im Gefängnis. Dieser erklärt ihm, dass die Entführungsopfer absichtlich dem Tod überlassen werden, um nach einer Art Transformation als Aliens wieder aufzuerstehen. Skinner wird von Krycek erpresst: Er soll die Geburt von Scullys Baby verhindern.

Drei Worte (Three Words)

Als ein Mann namens Howard Salt über den Zaun des Weißen Hauses klettert, um den US-Präsidenten vor der drohenden Invasion Außerirdischer zu warnen, wird er von Sicherheitsbeamten erschossen. Daraufhin bricht Sektenführer Absalom aus dem Gefängnis aus und nimmt Agent Doggett als Geisel, um sich mit ihm im Statistischen Bundesamt Zutritt zu einem Raum mit gespeicherten Bevölkerungsdaten zu verschaffen. Doch auch Mulder hat sich vorgenommen, die Daten unter die Lupe zu nehmen.

Feuer und Asche (Empedocles)

Jeb Dukes verliert seinen Bürojob und wird kurz darauf Zeuge eines Autounfalls, bei dem der Kriminelle Bob Harvey laut Augenzeugen in seinem Wagen verbrennt. Jeb dagegen sieht den brennenden Mann aus dem Auto steigen, auf ihn zukommen und durch ihn hindurchlaufen. Danach tötet Jeb die beiden Vorgesetzten, die ihn entlassen haben. Agent Monica Reyes hat bei der Untersuchung der Opfer ein Déjà-vu-Erlebnis. Einen Augenblick lang sieht ein Opfer für sie wie ein Aschehaufen aus. Die gleiche Vision hatte sie einst schon im Fall der Ermordung von Agent Doggetts Sohn Luke. Sie bittet Mulder, sich mit diesem Phänomen zu beschäftigen, da sie einen Zusammenhang zwischen den Fällen vermutet. Sie beordert Mulder und Doggett zu einem weiteren Opfer von Jeb Dukes, bei dem sie auch eine Vision hatte und hofft, dass Doggett diese bestätigt. Beim Tod seines Sohnes hatte er desse Leiche ebenfalls als Aschehaufen gesehen. Doch Doggett weigert sich beharrlich, das Phänomen anzuerkennen.

Sie kommen (Vienen)

Obwohl Mulder nicht mehr für die X-Akten zuständig ist, mischt er sich in Doggetts Arbeit ein. Er macht ihn auf den mysteriösen Tod eines mexikanischen Arbeiters auf einer Bohrinsel im Golf von Mexiko aufmerksam. Doggett misst dem Fall zunächst jedoch keine große Bedeutung bei. Nachdem Mulder bereits auf eigene Faust recherchiert und dabei in ein Wespennest sticht, bekommt Doggett von Kersh schließlich doch den Auftrag, den Tod des Arbeiters zu untersuchen. Als Doggett auf der Bohrinsel eintrifft, ist Mulder bereits vor Ort. Da die Funkanlage der Bohrinsel nicht funktioniert, bleibt Doggett keine andere Wahl als gemeinsam mit Mulder zu ermitteln. Scully stellt bei der Obduktion der Leiche fest, dass das Opfer gegen das Alien-Virus resistent war, mit dem die anderen Arbeiter auf der Plattform wahrscheinlich infiziert sind. Als Scully diese Nachricht weitergibt, ist es bereits zu spät.

Augenlicht (Alone)

Scully geht in den Mutterschaftsurlaub, und Doggett bekommt eine neue Partnerin - Agentin Leyla Harrison. Als der alte Arlen Sacks ermordet wird, ahnt Doggett, dass ein Tier der Täter war. Kurz darauf werden er und Harrison in einem unterirdischen Tunnelsystem zu hilflosen Gefangenen eines überdimensionalen Salamanders, der ihnen Gift in die Augen spritzt. Mulder nimmt die Verfolgung des Reptils auf, das offenbar das dunkle Alter Ego des Wissenschaftlers Sites ist.

Einer von vielen (Essence)

Mulder findet heraus, dass der ehemalige Partner des Arztes, der bei einem Brand in der Firma "Zeus Genetics" umkam, Dr. Parenti ist. Er hat Scully zu Beginn ihrer Schwangerschaft betreut. In Parentis Praxis stoßen Mulder und Doggett auf ein Gruselkabinett von entstellten Kinderleichen in Formaldehyd. Parenti erklärt ihnen, er arbeite gerade an der Vermeidung solcher Geburtsfehler. Als die beiden Agenten ihn ein weiteres Mal aufsuchen, finden sie nur noch Parentis enthauptete Leiche. Dann wird Duffy Haskell ermordet aufgefunden. Für Doggett schließt sich der Kreis: Haskell, Lev und Parenti standen alle unter dem Verdacht, Frauen heimlich mit außerirdischen Babys befruchtet zu haben. Als die hochschwangere Scully entdeckt, dass ihre Haushaltshilfe Lizzie Gill ihre Vitaminpillen manipuliert, wird diese von Doggett und Mulder verhört - und sie offenbart ein dunkles Geheimnis.

William (Existence)

Nachdem die hochschwangere Scully in letzter Minute vor ihrem unheimlichen Verfolger Billy Miles gerettet werden konnte, schmiedet Doggett mit der Agentin Monica Reyes einen Plan, um Scully möglichst schnell weit außerhalb Washingtons in Sicherheit zu bringen. Während sie Scully in der Obhut von Reyes in Sicherheit wähnen, versuchen Mulder und Doggett an den obskuren Informanten Knowle Rohrer heranzukommen. Zu ihrem Erstaunen müssen die beiden feststellen, dass sowohl Rohrer als auch Alex Krycek ungehinderten Zutritt zur FBI-Zentrale haben und sich dort mit Agent Gene Crane treffen, der Doggett in die Irre geführt hat. Mulder wird klar, dass diese Leute schon längst wissen, wo Scully ist. Mulder macht sich sofort auf den Weg zu Scully.