Cassandra - Teil 1 (Patient X)
Zwei russische Halbwüchsige streifen durch den Wald. Als sie auf einmal Hilferufe und fürchterliche Schreie hören, rennen sie zu einer Lichtung, um ihre Eltern zu suchen. Das flammende Inferno, das sich vor ihren Augen ausbreitet, läßt ihnen das Blut in den Adern gefrieren: brennende Leiber, in ihren Autos bis zur Unkenntlichkeit verkohlte Menschen und schrecklich aussehende Kreaturen ohne Augen und Münder, die für dieses Massaker verantwortlich sind. In Panik flüchten die zwei, aber nur Dmitri kann den Killern entkommen und muß in seinem Versteck hilflos die schrecklichen Sterbensschreie seines Freundes mitanhören.
Das Gemetzel in Kazakhstan ist der Anfang einer Reihe von unerklärlichen Massenverbrennungen rund um den Globus. Als am nächsten Morgen die Blauhelme der UNO unter der Führung von Maria Covarrubias zur Untersuchung des Vorfalls eintreffen, werden sie von einem Kommando russischer Soldaten unter Führung des einarmigen Verräters Krycek bei ihren Ermittlungen massiv behindert. Krycek hat mit Dmitri den einzigen Überlebenden in seine Gewalt gebracht und faucht Maria an, sie solle ihren Auftraggebern mitteilen, daß er wisse, was gespielt wird. Zurück in den USA erklärt sie den dubiosen Herren des Konsortiums gerade die Lage, als Krycek anruft. Er schlägt den machtbesessenen alten Männern einen Handel vor.
Beim FBI herrscht Uneinigkeit, denn ausgerechnet Agent Mulder verschließt vor den Beweisen die Augen. Nachdem er auf einem Symposium der UFO-Gläubigen die Existenz außerirdischen Lebens geleugnet hat, macht ihn sein Regressionshypnosearzt Dr. Werber mit Cassandra Spender bekannt. Die im Rollstuhi sitzende UFO-Gläubige verehrt Mulder und sieht in ihm die einzige Chance, die mysteriösen Massenverbrennungen aufzuklären. Denn alle Opfer waren wie sie Entführte, die sich dort zu einer neuen "Reise" versammelt hatten. Fox hält sie für eine Spinnerin, die von der Regierung dazu gebracht wurde. Scully entdeckt unterdessen, das alle Verbrannten einen Chip im Nacken implantiert hatten - genau wie sie selbst. Die Positionen der FBI-Agenten haben sich jeweils um 180 Grad gedreht: Scully und auch Skinner beginnen an die Invasionstheorie zu glauben, während Mulder nichts mehr davon wissen will. Daß seine Kollegin sich in diesem Krieg der Welten zwischen den Fronten befindet und damit in Lebensgefahr schwebt, ist Mulder viel zu lange nicht bewußt.
Von ihrem Implantat getrieben, steht Dana kurze Zeit später mit Dutzenden anderer Entführungsopfer auf dem Riskin-Staudamm. Ungläubig sieht Scully ein UFO über die Brücke fliegen. Mitten in die beinahe religiöse Verzückung der Außerirdischen-Apostel stürzt auf einmal ein brennender Mensch. Von beiden Seiten werden die Menschen grausam abgefackelt - und die FBI-Agentin steht mitten unter ihnen.